Στο τέλος του 20ου, αιώνα μετά από 100 περίπου χρόνια αδιάλειπτης λειτουργίας των ΦΕ στο Μέγαρο, αποφασίστηκε με χρήματα ευρωπαϊκού προγράμματος χρηματοδότησης η ανακατασκευή / αναπαλαίωση του Μεγάρου. Έτσι απαιτήθηκε η πλήρης εκκένωσή του από το 1996 έως το 2004, με μεταφορά των παραδοσιακών όργανο/ βιβλιοθηκών του και πειραματικών οργάνων / συσκευών του σε αποθήκες – ή/ και αίθρια – της πανεπιστημιούπολης.
Χιλιάδες τόνοι επίπλων και υλικών παρέμειναν εκτεθειμένα έως το 2017, σε κίνδυνο φθορών, καταστροφών ή και απωλειών από ανθρώπους ή και φυσικά φαινόμενα, αναμένοντας την επαναφορά τους μετά την ολοκλήρωση της αναπαλαίωσης του Μεγάρου, το 2017, μετά από 21 χρόνια ( βλ. περισσότερα…).