Στη νότια πτέρυγα βρίσκεται το μικρό Αμφιθέατρο του Μεγάρου Φυσικής (μΑΜΦ), το οποίο χαρακτηρίστηκε διατηρητέο in situ και αποκαταστάθηκαν τα οικοδομικά στοιχεία και το περιεχόμενό του όπως ήταν στα τέλη του 19ου αι.
Συγκεκριμένα αποκαταστάθηκαν ο εργαστηριακό πάγκος πειραμάτων επίδειξης και ο χειροκίνητα ανασυρόμενος πίνακας κιμωλίας. Τα καθίσματα διατηρήθηκαν όσον αφορά στο μέρος τους από μαντέμι και ανανεώθηκαν πιστά όσον αφορά στα ξύλινα μέρη τους.
