Από το 2004 άρχισε η συστηματική και προσεκτική ανακατασκευή του Κτηρίου Μεγάρου ΦΕ με ιδιαίτερη φροντίδα στην πιστή αναπαλαίωσή του εξωτερικά και εσωτερικά. Αίθουσες διδασκαλίας γραφεία και εργαστήρια πειραμάτων, με τους πάγκους πειραματισμού, τις παροχές τους και τους απαγωγούς αερίων, αλλά και τα δύο αμφιθέατρα του κτηρίου (350 και 60 θέσεων) με τον παραδοσιακό εξοπλισμό τους αναπαλαιώθηκαν και παραμένουν λειτουργικά (!).
Ακόμη στα δύο αίθρια του κτηρίου έχουν τοποθετηθεί μεταλλικές σκάλες κινδύνου (βλ. περισσότερα…).