Το Μουσείο ΦΕΤ, μετά την ανακαίνιση του Κτηρίου, επανήλθε σε ένα μόνο τμήμα των χώρων του κτηρίου σε έκταση 1.845,35 τ.μ.. Στους χώρους, που έχουν διατεθεί αποκλειστικά για την επανεγκατάστασή του, περιλαμβάνεται ένα μικρό τμήμα του ισογείου, το ήμισυ περίπου του 1ου ορόφου και του 2ου ορόφου και ολόκληρος ο 3ος όροφος που παραμένει ημιτελής ακόμη και αναμένει τη διαμόρφωσή του για τη μουσειακή έκθεση μέρους των επιστημονικών οργάνων και συσκευών.
Στους κοινόχρηστους -και από το Μουσείο- χώρους του Κτηρίου περιλαμβάνονται τα πλήρως και πιστά ανακαινισμένα από τους ανθρώπους του Μουσείου δύο Αμφιθέατρα, το Μεγάλο Αμφιθέατρο Μεγάρου Φυσικής (ΜΑΜΦ) και το μικρό Αμφιθέατρο Μεγάρου Φυσικής (μΑΜΦ) και δύο αίθουσες πολιτιστικών εκδηλώσεων στον 1ο και 2ο όροφο.
Έχουν δημοσιοποιηθεί τα τεχνικά σχέδια των κατόψεων (όπως έχουν περιληφθεί στην Υπουργ. Αποφ. 14660 και έχουν δημοσιευτεί με το ΦΕΚ της 23/06/2003) όλων των χώρων του κτηρίου –μετά την ανακαίνισή του– με τους αριθμούς των αιθουσών και το εμβαδόν τους. Σε αυτά προσδιορίζονται οι βασικοί χώροι (του ισογείου, του 1ου και 2ου ορόφου) που ανήκουν αποκλειστικά στο Μουσείο –μαζί με ολόκληρο τον 3ο όροφο που ανήκει επίσης στο Μουσείο.