Στη νότια πτέρυγα βρίσκονται τα γραφεία των καθηγητών. Διασώζονται ιστορικά γραφεία και βιβλιοθήκες παλαιών καθηγητών (και του Κωνσταντίνου Καραθεοδωρή). Εδώ έχουν τοποθετηθεί τα περισσότερα από τα σπάνια βιβλία του Μουσείου και μερικά παλαιά σημαντικά όργανα (χρονομέτρησης κ.α.).